“Menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa”
Meskipun di judul tulisan ini ada angka 2-nya, namun ini bukan sekuel maupun lanjutan cerita dengan judul yang sama tanpa angka yang ditulis 5 tahun silam. Bukan waktu yang singkat untuk meninggalkan sebuah blog tidak ter-update. Tagline blog ini juga berganti dari “… so what?” menjadi “menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa”. Semoga dengan posting-an dan penggantian tagline blog ini menandai kembalinya jemari DosGil menari untuk menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa. Stay tune!
Bagi yang pertama kali terdampar di blog ini, perlu diketahui bahwa blog ini adalah sekuel ke-3 dari Blog DosenGila a.k.a. DosGil. Seri blog yang diawali dari http://dosengila.blogspot.com/ dilanjutkan ke https://dosengila.wordpress.com/ sebagai sekuel ke-2. Pemilihan nickname DosenGila alias DosGil diterangkan di sini.
Adapun momentum yang membuat DosGil bersemangat mengaktifkan kembali blog ini adalah telah resminya DosGil diangkat sebagai Profesor di bidang Analisis Farmasi dan Kimia Medisinal pada tanggal 22 Juli 2020 (dengan TMT 1 Maret 2020). Berita resmi dari universitas dapat diakses di sini, dan dari fakultas dapat diakses di sini. Berita-berita terkait di koran lokal dapat diakses di sini, di sini, dan di sini.
### GT-C13, 28 Juli 2020
Pada manual instalasi PyPLIF HIPPOS di sini, disebutkan bahwa PyPLIF HIPPOS belum bisa diinstal dan berfungsi pada sistem operasi Windows. Nah, kemarin DosGil berusaha mengulik bagaimana caranya bisa run di sistem operasi Windows supaya mendukung pembelajaran DosGil jika audiensnya tidak familiar dengan Linux maupun Unix. Setelah seharian berjibaku, tapi sambil hahahihi ke sana ke mari membahas bangsa dan negara, akhirnya berhasil juga. Berikut tahapan-tahapannya:
- Install miniconda
- Buka Anaconda Prompt dan install PyPLIF HIPPOS dalam environment conda. Berikut tahapannya
- conda create -n hippos-env
- conda activate hippos-env
- conda install -c conda-forge pyplif-hippos
Sudah selesai. PyPLIF HIPPOS siap digunakan di environment hippos-env di miniconda for Windows (Anaconda Prompt). DosGil setidaknya sudah mencoba untuk modul direct_ifp dan sukses. Selamat mencoba!
Saatnya mencoba buat pugasan PyPLIF HIPPOS untuk YASARA-Structure.
### FKIK UAJ, 9 Juli 2025 | 09:14 WIB.
Memasuki bulan Mei 2025, seperti tahun lalu, sepertinya perlu dilakukan pemutakhiran YASARA-Structure di gawai-gawai yang dipakai. Di repositori DosGil sudah berhasil diunduh versi 25.1.13 dan juga dialihkan email pemilik lisensi ke enade[at]molmod[dot]id. Hal ini perlu dilakukan karena DosGil akan bergeser ke Barat. 😀
Hari ini, laptop IDEAPAD3 (OS Windows 11) dan MBP (MacOS) DosGil dimutakhirkan. Cloud server yang dikelola sementara dibiarkan dulu ke versi yang digunakan. Semoge proses transisi ke Barat ini berjalan lancar sehingga cloud server segera dapat dimutakhirkan juga.yang diakuisi baru-baru ini.
*Pogung Kidul 4 Mei 2025, 18.56 WIB
…
Hampir setahun dari postingan dengan judul yang serupa tahun lalu di sini. Jadi ini memasuki minggu ke-4 DosGil berada di kota terbesar ke-2 di Republik Ceko di periode ke-2. Tahun depan sebenarnya masih ada kesempatan tapi itu juga kesempatan untuk mempersiapkan regenerasi. Sebenarnya pula postingan-postingan tentang akhir pekan minggu ke-1, -2 dan -3 sudah dipost di IG dan FB. Jadi yang di bawah ini hanya rangkumannya. Kalau pas week days ke mana? Gak kemana-mana. Hanya kupu-kupu. Kuliah pulang kuliah pulang. Jujur, DosGil sudah agak bosan di Brno. Jadi ya lebih banyak ngendon di kamar sambil eksplorasi dunia maya dan berkomunikasi dengan orang-orang di segala penjuru. Bahkan tiap Selasa DosGil memilih WFH di apartmen 😀
Sama seperti tahun lalu, minggu pertama dilalui DosGil dengan setlling in dan eksplorasi lokasi seputaran tempat tinggal dan kampus tempat bekerja. Lho koq eksplorasi lagi? Iya, karena meskipun tinggal di tempat yang sama, Eropa Tengah lagi dilandang hujan gerimis yang tiada henti yang membuat banjir di banyak tempat. Banjir. Bukan sekedar genangan, apalagi kenangan. Nah, hal itu membuat transportasi publik di banyak tempat di Brno lumpuh. Malah kesempatan eksplorasi jalur-jalur baru. Termasuk jalur jalan kali. Akhir pekan pertama di Brno, DosGil pulang dari gereja jalan kaki sambil bawa belanja mingguan. Jaraknya sih cuma 3 kiloan … tapi tanjakannya itu loh. Dapat elevation gain lebih dari 100 m. No problem. Cuma jadi berkeringat deras dan terpaksa mencuci baju yang rencananya mau dipakai lagi seminggu ke depan. *eh
Minggu ke-2 dan ke-3 masih settling in juga sih. DosGil perlu mencari suplai logistik yang sesuai dengan gaya hidup baru DosGil yang dimulai per Mei 2024 ini: mengurangi kalori dengan mengurangi jumlah asupan terutama mengurangi karbohidrat, namun sebisa mungkin tinggi protein. Dan, surprisingly, gampang banget di Brno mencari makanan-makanan demikian. Hahahahaha … Sejak 24 Mei 2024, DosGil sudah turun sekitar 17 sampai 20 kg. Dan, dibandingkan dengan berat badan saat berangkat dari Yogyakarta pada tanggal 8 September 2024 yang lalu, DosGil sudah berkurang sekitar 4 sampai 5 kg.
Jadi tidak banyak yang bisa diceritakan. Sampai jumpa di postingan DosGil berikutnya.
## Vinařská, Brno, 02 Oktober 2024 | 19.00 CET.
C G
Kasih yang sempurna telah
Em Am
kutrima dari-Mu
F G
Bukan kar'na kebaikanku
C G
Hanya oleh kasih karunia-Mu
Em Am F
Kau pulihkan aku layakkanku
G
Tuk dapat memanggil-Mu, Bapa
Reff
C G
1: Kau b'ri yang kupinta
2: Tak kan Kau biarkan
Am Em
1: Saat kumencari kumendapatkan
2: Aku melangkah hanya sendirian
F C
1: Kuketuk pintuMu dan Kau bukakan
2: Kau selalu a----da ba--------giku
F G
1: S'bab Kau Bapaku, Bapa yang kekal
F C
2: S'bab Kau Bapaku, Bapa yang kekal
## Pogung, Yogya, 3 Agustus 2024 | 20.52 WIB (Inspirasi chord: https://www.tiktok.com/@kakjos/video/7257392808825310469)
Jadi begini, untuk tahun 2024 ini DosGil merasa perlu pemutakhiran YASARA-Structure di gawai-gawai yang dipakai. Apalagi setelah perpanjangan lisensi tahunan sudah dilaksanakan. Versi terakhir, yang sangat keren karena juga melibatkan gen AI seperti AlphaFold, adalah di 24.4.10. Beberapa minggu yang lalu mulai request update dan unduh-unduh. Dan, … lambat gaes. Ada masalah di kabel bawah laut katanya. Tapi berhasil juga. Komplit. For Windows, Linux dan juga MacOS.
Hari ini, laptop dan MBP DosGil sudah dimutakhirkan. Juga, beberapa server yang diakuisi baru-baru ini. Server-server lama yang masih dipakai running riset sejak tahun lalu dibiarkan dengan versi yang lama. Biar sama.
*Pogung Kidul 25 Mei 2024, 19.42 WIB
G C G
Tiap langkahku diatur oleh Tuhan
D G
dan tangan kasihNya memimpinku.
G C G
Di tengah badai dunia menakutkan,
Am A D
hatiku tetap tenang teduh.
Reff:
G C G
Tiap langkahku ‘ku tahu Tuhan yang pimpin
C D G
ke tempat tinggi ‘ku dihantarNya,
C G
hingga sekali nanti aku tiba
D G
di rumah Bapa sorga yang baka.
## Pogung, Yogya, 27 April 2024 | 20.21 WIB
C F C
Kala kula dhawah lan tanpa daya,
Em F G
nyawa kula kapetek, kasiksa
Am F C F
Kula tansah nyuwun tulung mring Gusti
C G C
karsa rawuh, mrih amitulungi
Reff:
Am F C G
Kula tansah kaangkat maring arga
Am F C G
kula kwawi anempuh prahara
C F C Am F
wah kiyat, wit sinanggi swiwinya
C G C
anglangkungi budidaya kula
## Pogung, Yogya, 17 April 2024 | 20.09 WIB
…
Jadi ini memasuki minggu ke-4 DosGil berada di kota terbesar ke-2 di Republik Ceko (… dan DosGil yakin saat membaca Ceko pasti banyak pembaca yang dalam pikirannya meneruskan dengan Slowakia). Minggu pertama dilalui DosGil dengan setlling in dan eksplorasi lokasi seputaran tempat tinggal dan kampus tempat bekerja. Minggu ke-2 dan ke-3 masih penyelarasan akal, rasa dan kehendak dengan perbedaan jam dan iklim yang cukup drastis. Beberapa cerita sudah dituliskan di IG-nya DosGil dan juga di FB-nya DosGil. Mengingat tanggal 27 Oktober adalah Hari Blogger Nasional, peristiwa memasuki minggu ke-4 ini dituliskan di blog saja. 😀
Masih ingat tulisan DosGil yang ini? Yak betul, di tulisan tersebut DosGil sempat menyinggung rencana ke Ceko di musim gugur tahun ini. Puji Tuhan, rencana tersebut berjalan cukup lancar dengan beberapa drama, antara lain terkait mendapatkan slot jadwal wawancara visa. Saat ini DosGil merasa sudah cukup nyaman di Brno, dengan di apartemen yang disediakan pihak pengundang dan sudah mendapatkan akses ke bahan-bahan pokok masakan Asia, meliputi beras, kerupuk, bakso, kecap, dan tentu saja mie instant Ind*mie. Di kamar apartemen sebenarnya disediakan kompor listrik dan microwave, namun DosGil sudah siap dengan kompor portable yang bisa dipakai menanak nasi bahkan untuk membuat fuyunghai. Juga, tidak kalah penting adalah alat water heater dari Xiao Mi yang berbentuk tabung.
Pada hari ke-2 di Brno, DosGil mendapat kabar kalau Romo Josef membalas email dan memberi tahu kalau di Gereja Yesuit di Brno Kostel Nanebevzetí Panny Marie ada misa dengan Bahasa Inggris tiap Minggu jam 12.15 waktu setempat. Beliau juga mengabari kalau mau ketemu, baiknya setelah misa itu. Misa tersebut hampir selalu dipimpin oleh Romo Josef. Oleh karena itu, pada akhir pekan pertama memasuki minggu ke-2, DosGil menghadiri misa dan menemui Romo Josef. Perbincangan seru beralih ke pasturan yang berjarak sepelemparan batu dari gereja, sambil makan siang. Kali ini menunya steak yang dimasak Romo Yosef dengan cara cepat praktis yang tidak pernah DosGil bayangkan sebelumnya, yaitu dimasak menggunakan toaster. Tapi jangan ditanya rasanya, maknyusssss gaes. Saat itu DosGil berjanji minggu depan akan datang lagi dan masak masakan khas Yogyakarta. Janji itu DosGil tepati dengan masak mie goreng Jawa di akhir pekan memasuki pekan ke-3.
Kali ini, memasuki pekan ke-4 dari 10 pekan yang direncanakan, DosGil berencana selesai misa untuk ekpslorasi area sekitar gereja. Foto-fotonya disampaikan mengawali tulisan ini. Ada foto saat misa yang penuh, dan DosGil selfie saat sayap kiri sudah kosong. Iya, kali ini dosen kebagian duduk di sayap kiri, dengan pandangan ke arah mimbar terhalang tiang. Dan ada foto-foto selfie saat DosGil jalan kaki eksplorasi sekitar gereja. Kota yang unik. Vibe-nya mirip-mirip Yogyakarta. Kota pelajar dan juga kota wisata. Jamak dijumpai turis internasional maupun mahasiswa asing di seputaran gereja yang juga terletak di pusat kota ini. Kombinasi bangunan tua dan modern semakin membuat kota ini serasa Yogyakarta. Mungkin tinggal menunggu ketemu semacam angkringan, maka kota ini bisa lengkap terbuat dari rindu, pulang dan angkringan.
Sayang, tadi tiba-tiba lapar dan restoran yang direncanakan untuk disinggahi tutup ternyata tutup di hari Minggu ini. Eksplorasi dihentikan, pulang ke apartemen. Minggu depan rencana eksplorasi di hari Sabtu saja supaya bisa lebih lama dan lebih jauh.
## Vinařská, Brno, 29 Oktober 2023 | 16.20 CET.
DosGil sedang melakukan riset untuk Penapisan Virtual Berbasis Struktur (PVBS) untuk target tertentu. Pekerjaan rutin tahunan 😁😁😁
Satu tahapan yang dilakukan adalah konversi format struktur 3D senyawa dari pdb ke pdbqt. Nah, karena sesuatu dan lain hal acap kali ada galat di proses sehingga ada beberapa senyawa yang tidak terkonversi. Hal ini selalu terjadi dan DosGil selalu lupa caranya dan mencoba mengingat bagaimana caranya … “haruskah kuteteskan air mata di pipi … haruskah kucurahkan segala isi di hati …” *lha malah nyanyi.
Jadi DosGil memutuskan menuliskan di sini caranya supaya suatu hari nanti jika membutuhkan tinggal menengok tulisan ini. Dan, kalau ada pembaca yang membutuhkan dapat memanfaatkannya.
DosGil membuat string daftar senyawa dalam format pdb dengan nama pdb.lst dan daftar senyawa dalam format pdbqt dengan nama pdbqt.lst dalam satu direktori.
cat pdbqt.lst pdb.lst | sort -r | uniq --count | awk '{ if ($1 == 1) print $2}'
Luaran dari perintah adalah daftar senyawa yang hanya sendiri. Artinya ada di pdb.lst namun tidak ada di pdbqt.lst. Siap untuk dianalisis alasan kesendirian mereka.
## Eastparc Hotel, 22 Juni 2023 | 11:25 WIB.
…
Katanya, “Buku adalah jendela dunia, …” Namun entah kata siapa. Mohon DosGil diberitahu kalau ada yang tahu itu quote dari siapa. Kenyataannya adalah, buku hijau bertuliskan PASPOR dan gambar Garuda Pancasila di sampul depan yang diterbitkan Juni 2005 merupakan dokumen penting saya untuk menjelajah dunia. Diawali dengan Belanda dan kini Asia Tenggara dan Eropa. Kisah-kisah di https://dosengila.blogspot.com/ dan http://dosengila.wordpress.com/ diawali dari terbitnya buku bersampul hijau itu.
Nah, kali ini DosGil akan bercerita tentang perpanjangan paspor baru-baru ini. Jadi, DosGil berencana ke Brno, Ceko musim gugur tahun ini. Tapi paspor DosGil habis berlaku November tahun ini, harus diperbaharui untuk apply visa dan lain-lain. Dimulailah searching di internet dan tanya-tanya kanan-kiri. Oh ya, DosGil sekarang berdomisili di desa Pogung Kidul, yang kisah legendanya bisa dibaca di sini. Jarak dengan almamater DosGil sekitar 15 menit jalan kaki. Tentu saja info yang DosGil temukan di sini sangat-sangatlah menarik untuk dicoba.
Dimulailah dengan mengisi form online, sesuai langkah pertama pada tanggal 17 Mei 2023. Lalu screenshot telah mengisi dikirim ke WA Mas Risa di nomor yang tertera di langkah ke-2. Yang di hari berikutnya dijawab telah dijadwalkan tanggal 5 Juni 2023 dan diminta konfirmasi apakah bisa di tanggal tersebut. DosGil langsung konfirmasi dan mulai mengumpulkan dokumen-dokumen yang dipersyaratkan. Salah satu dokumen penting adalah ijazah UGM sebagai bukti bahwa DosGil adalah alumni UGM, karena kartu KAGAMA DosGil sudah tidak bisa dibaca.
Pada tanggal 5 Juni 2023, DosGil datang ke OIA UGM, mengisi formulir yang disediakan dengan didampingi petugas karena DosGil satu-satunya pemohon saat itu. Pemohon sebelumnya sudah usai, dan belum ada pemohon yang datang lagi. Lalu tidak lama setelah menyerahkan formulir dan dokumen kelengkapan, DosGil dipanggil untuk foto. Lalu diberi dokumen untuk pengambilan paspor yang diperkirakan akan selesai 3 hari kerja setelah pembayaran. Di ruang tunggu sudah disediakan panduan pembayaran non tunai, karena tidak menerima transaksi tunai. DosGil memilih menggunakan BRImo sesuai saran pemohon sebelumnya. Usai, DosGil pun berpamitan. Nah, tidak jauh dari OIA UGM ini ada kantor KAGAMA. DosGil yang membawa ijazah asli sekalian mampir untuk mengurus pembuatan kartu anggota baru.
Kamis pagi, 8 Juni 2023, DosGil sudah mendapat WA bahwa paspor sudah jadi dan bisa diambil di OIA UGM. Segeralah DosGil meluncur dan tidak lama kemudian, paspor sudah di tangan DosGil. Paspor ini berlaku 10 tahun. Jadi saat pengurusan perpanjangan nanti, sangat bisa jadi prosesnya akan berubah. Semoga jadi lebih mudah.
Oh iya, selain alumni, keluarga inti alumni bisa lho memanfaatkan fasilitas ini. Dan definisi (sementara) keluarga inti adalah yang namanya tercantum di kartu keluarga (KK) yang sama.
Oh iya lagi, tadi siang dapat WA kalau kartu KAGAMA DosGil yang baru sudah jadi dan bisa diambil. Huuraayyy …
## PoKid-7, 12 Juni 2023 | 21:30 WIB.












